Jungputen/Masthähnchen
Clostridium perfringens: trotz Kokzidiostatika oder Impfstoffe können die Kokzidien leichte bis mittlere Darmverletzungen verursachen, die als Eintrittspforten, bzw. Wegbereiter für Clostridien anzusehen sind. Einige Kokzidiostatika, wie zum Beispiel die Ionophoren haben eine Clostridien-Wirkung, können aber auf Grund eines möglichen Wirksamkeitsverlustes nicht dauerhaft gegeben werden. Deshalb wechseln die Futtermühlen das Kokzidiostatikum in bestimmten Abständen (fahren ein sogenanntes Shuttle-Programm). Die Verabreichung von Clostridien-Phagen von der zweiten bis dritten Lebenswoche (hoher Kokzidiendruck) verhindert eine starke Clostridien-Vermehrung und die Entstehung der Nekrotisierenden Enteritis.         

Legehennen/Pute/Masthähnchen
E. coli (Aviäre–Pathogene–E–Coli): die Infektion mit APEC-Keimen stellt ein großes gesundheitliches Problem in Geflügel-haltenden Betrieben dar. Die alleinige Anwesenheit des Keimes führt noch nicht zu einer klinischen Infektion. Kommen belastende Faktoren hinzu, entwickelt sie sich zu einer Allgemeininfektion. Werden die Tiere nicht antibiotisch behandelt sterben die Tiere an einer Coli-Septikämie. 

Eine sehr gute Coli-Wirksamkeit haben die Reserveantibiotika Enrofloxacin und Colistin. Um diese beiden Antibiotika zu schonen, ist z.B. eine Behandlung mit Neomycin plus APEC-Phagen möglich. Die Effektivität des Neomycins wird durch die Phagen-Wirksamkeit gegen die APEC-Keime verstärkt. Die Phagen-Therapie wird durch die Neomycin-Wirkung auf andere E.coli Keime, die während des Infektionsgeschehens das Immunsystem stark belasten, ergänzt. Eine win-win-Situation, die eine Behandlung mit einem Reserveantibiotikum umgeht.   

Bei den Masthähnchen kann sich kurz vor dem Ausstallen eine E.coli-Infektion entwickeln. Nur eine Behandlung mit einem Antibiotikum mit kurzer Wartezeit (z.B.: Colistin 2 Tage) ist möglich. Ein vorbeugende APEC-Phagen-Verabreichung 5-10 Tage vor dem Ausstallen kann diese E. coli-Infektion verhindern. 

Masthähnchen
Enterococcus cecorum: diese Keime kommen über die Elterntiere via Brüterei in das Tier bzw. in den Stall. Aus Betrieben, die schon einmal eine Enterococcus cecorum-Infektion hatten, ist der Erreger nur sehr schwer zu eliminieren (siehe Salmonellensanierung). In der ersten Lebenswoche ist die schützende bakterielle Darmbesiedlung (Darmflora) beim Küken noch unvollständig und die Darmwand deshalb an einigen Stellen anfällig für die Invasion von bestimmten Keimen. Eine metaphylaxtische antibiotische Behandlung mit einem Antibiotikum (z. B. Linkospektin) in den ersten Lebenstagen verhindert ein Auswandern von Enterococcus cecorum Keimen in den Körper. Statt Antibiotika können in der ersten Lebenswoche Enterococcus cecorum-Phagen verabreicht werden. Die Phagen verhindern eine starke Vermehrung von Enterococcus cecorum-Keimen und schützen so den Organismus vor der Keiminvasion.